據《21世紀經濟報道》報道，雖然南水北調西線工程2010年尚未開工，但西南大旱已令該工程在業內備受爭議。

　　中國水利水電科研院專家劉樹坤稱，西南這次出現百年難遇的干旱，應該對水文資料重新修訂，對干旱出現頻率、可能性都要重新評估，南水北調西線工程也應重新評估。

　　而國務院南水北調建委會辦公室副主任張野稱，從長遠來看，南水北調還是合理調配水資源。今年西南旱情比較特殊，只是一個短期的現象，與整個氣候狀況有關。

　　他還表示，就長江而言，每年從長江口流出的水量達9000多億立方米，而南水北調三線調水量不超過450億方，不超過長江水量的5%。因此從多年水量上來講，旱情不影響調水，也沒有長江上游無水可調的擔憂。

　　復旦大學資源環境專家戴星翼稱，“與其調水，不如節約用水”。他表示，中國應該學習以色列，大面積普及滴灌系統。如果搞滴灌系統的話，同樣的水灌溉面積可以大十幾倍。

　　公開資料顯示，南水北調西線工程按2000年第一季度價格水平，第一、二期工程靜態投資合計為1110億元，調水90億m3;第三期工程投資額為1930億元。西線工程分為三期建設，第一期工程調水40億方，第二期調水50億方，第三期調水80億方。

　　2009年11月24日，水利部稱，根據中央政府批復，南水北調西線工程的取水范圍都在長江流域，不包括西南地區的雅魯藏布江、怒江和瀾滄江等河流。