即使海水淡化不能威脅南水北調的地位，它自身還存在很多問題。南水北調中線工程曾計劃2008年奧運會之前即向北京供水，但由于該項工程涉及移民、成本等因素，最終決策層不得不將其推遲到2014年底。在很多人心里都有這樣的疑問，南水北調會不會再次推遲通水?

　　“從工期上看沒問題，原來規劃是2002年開工、2010年供水，8年的工期是科學合理的。后來有一段時間中央財政緊張，南水北調的資金不是停了就是少了，開工面就沒那么多?，F在擴大內需，國家又投進去很多錢，南水北調就不差錢了?！痹S新宜告訴記者，現在工期抓得很緊，自己不擔心工期，就擔心質量，因為1200公里這么長的工程一個地方出現問題就影響到全線。

　　“現在質量比工期更重要，我希望2014年能夠通水。如果在保證質量的情況下，2014年通不了水這個可以理解?！痹S新宜說，“差一兩年沒問題，差的是長治久安?！?/P>

　　在南水北調中線主干工程趕工期的同時，沿線河南、河北的配套設施建設和資金卻進度緩慢。水利部海河水利委員會防汛技術顧問、河北省防汛抗旱辦專家魏智敏告訴記者，南水北調在河北輸水的配套工程只開工了一小部分，現在集中力量突擊主干，2014年幾條主干都能完成，但配套工程完不了。

　　有專家認為，由于北京在南水北調線路的末端，即使沿線工程都按期合格完工，還將面臨許多不可控因素。缺水的河南、河北各地要是在中途多截留一些水，北京也沒有辦法，況且河北長期向北京調水，還有密云、官廳水庫的指標等被北京無償拿走的歷史欠賬尚未解決。

　　即使不考慮沿線，單就水源地來說，如果再次出現去年的長江中下游大旱，到時候北京還從漢江調水，下游怎么辦?

　　北京水環境研究專家王建認為，一個三峽大壩已經帶來很多復雜的矛盾問題了，而且從生態上講，把遠距離調水作為發展的支撐是不合理的，這就像一個病入膏肓的病人躺在醫院里靠輸血來維持生命。調水也只是把華北缺水的矛盾擴大到長江流域，擴大到半個中國。